Ostateczną rezygnację napisał w styczniu 1933 i przeszedł w stan spoczynku jako oficer Wojska Polskiego.

II wojna światowa 16 lutego 1933 został mianowany przez papieża Piusa XI arcybiskupem tytularnym Carpathus i powrócił do archidiecezji warszawskiej, w której do 1939 był wikariuszem generalnym. Od 5 stycznia 1939 był wikariuszem kapitulnym archidiecezji, a następnie 6 stycznia 1940 mianowany został przez Piusa XII administratorem apostolskim archidiecezji warszawskiej.

W okresie okupacji wykazywał według Krasowskiego bezkompromisową postawę wobec Niemców, nie zgadzając się na żadną formę współpracy a według Jasiewicza okazał się niedołężnym i tchórzliwym, który pomimo że nie wykazywał sympatii proniemieckich, nigdy nie zdobył się na żadne wystąpienie w obronie ludności cywilnej ani kleruKrzysztof Jasiewicz, Bóg i Jego polska owczarnia w dokumentach 1939–1945. Warszawa – Londyn 2009, s. 147.. Informował Watykan o sytuacji w kraju i o zbrodniach popełnianych przez okupanta. Ratował księży pochodzenia żydowskiego. O uratowaniu Tadeusza Pudra wielokrotnie składał publicznie świadectwo Władysław Miziołek.

Śmierć i pochówek Zmarł 11 września 1942 w Warszawie. Pochowany w grobie rodzinnym na Cmentarzu Powązkowskim (kwatera 184-5-1,2).