W 1927 otrzymał godność infułata. 9 lipca 1928 papież Pius XI mianował go biskupem pomocniczym archidiecezji warszawskiej i biskupem tytularnym Irenopolis in Cilicia. Sakrę biskupią przyjął 7 października 1928. Od 31 października 1932 był w stanie spoczynku. W latach 1942–1946 pełnił funkcję wikariusza kapitulnego archidiecezji warszawskiej. 24 listopada 1945 papież Pius XII mianował go arcybiskupem tytularnym Cotyaeum.
W latach 1928–1956 pełnił funkcję proboszcza parafii św. Barbary na Koszykach. Kapelanem Szlagowskiego od 1942 do śmierci był późniejszy infułat Stanisław Markowski (1910–1997). Szlagowski nie opuścił Warszawy po wybuchu powstania warszawskiego, ale we wrześniu 1944 został internowany w Milanówku, gdzie przebywał do śmierci. W czasie powstania, 9 września, Niemcy przekazali mu w tamtym miejscu serce Chopina.
Zmarł 28 lutego 1956 r. na plebanii Kościoła pw. św. Jadwigi w Milanówku, w której mieszkał po zakończeniu wojny. Został pochowany 3 marca 1956 r. w krypcie archikatedry warszawskiej. Jego prochy przeniesiono w 1959 r. do odbudowanego Kościoła pw. Św. Apostołów Piotra i Pawła w Warszawie (Parafia św. Barbary na Koszykach).