W 1896 był jednym z członków założycieli Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa. Od 1900 do 1914 pełnił urząd przewodniczącego Grona Konserwatorów Galicji Zachodniej. W 1908 został obrany członkiem czynnym Akademii Umiejętności, która w tym samym roku honorowała go Nagrodą z Fundacji im. Probusa Barczewskiego za monumentalne dzieło „Zabudowania Wawelu i ich dzieje”S. Tomkowicz, Wawel I. Zabudowania Wawelu i ich dzieje, [w:] Teka Grona Konserwatorów Galicji Zachodniej, t. 4, Kraków 1908.. Tomkowicz współzawodniczył o tę nagrodę z historykiem Szymonem Askenazym, co dało asumpt Boyowi do dowcipnej fraszki „O tem, co w Polszcze dziejopis mieć winien”Tadeusz Boy-Żeleński, Słówka, Kraków 1987, s. 72-73..
Od 1911 do 1913 Tomkowicz kierował pracami inwentaryzacyjnymi zabytków sztuki Ordynacji Zamoyskiej (4 powiaty). Od 1911 do 1933 pełnił funkcję przewodniczącego Komisji Badania Historii Sztuki w Polsce Akademii Umiejętności (po 1918 – Komisji Historii Sztuki Polskiej Akademii Umiejętności). W latach 1918 do 1926 czynny był jako dyrektor Wydziału II Filozoficzno-Historycznego PAU, zaś od 1928 do 1933 – dyrektor Wydziału I Filologicznego PAU.