Tomkowicz jest autorem co najmniej 625 prac opublikowanych drukiem Zob. Spis prac Stanisława Tomkowicza zestawił Jerzy Szablowski, „Rocznik Krakowski”, t. 25, 1934, s. 163-183.. W zdecydowanej większości poświęcił je kwestiom inwentaryzacji, opieki i ochrony zabytków, monograficznym ujęciom pojedynczych dzieł sztuki i pomników architektury, kalendariom prowadzonych robót konserwatorskich, rozległym i erudycyjnym studiom na kulturą renesansu i baroku, a także bieżącym wydarzeniom artystycznym i zagadnieniom społeczno-kulturalnym.
Odznaczenia i wyróżnienia Odznaczony papieskim złotym krzyżem Pro Ecclesia et Pontifice (1903) i Krzyżem Komandorskim Orderu Świętego Grzegorza Wielkiego, austriackim Krzyżem Komandorskim Orderu Franciszka Józefa (1908)Hof- und Staatshandbuch der Österreichisch-Ungarischen Monarchie. Wiedeń: 1818, s.