Organizacja Struktura organizacyjna Państwowa Inspekcja Sanitarna ma struktury centralne i terenowe. Organem centralnym, kierującym PIS, jest Główny Inspektor Sanitarny, będący centralnym organem administracji rządowej. Działa on od 1 stycznia 2000Od momentu wejścia w życie rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 30 grudnia 1999 w sprawie nadania statutu Głównemu Inspektoratowi Sanitarnemu (). Rozporządzenie to zostało zastąpione rozporządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 29 lipca 2010 r. w sprawie nadania statutu Głównemu Inspektoratowi Sanitarnemu.. Swoje zadania wykonuje przy pomocy Głównego Inspektoratu Sanitarnego, centralnego urzędu administracji rządowej.
Terenowymi organami PIS są państwowi inspektorzy sanitarni, pod kierunkiem których działają stacje sanitarno-epidemiologiczne.