Do roku 1939 powstało 13 filii terenowych PZH, wspierających działalność laboratoryjną i naukową centrali.
Wraz z zapobieżeniem bezpośredniego zagrożenia wybuchu epidemii rozszerzył się katalog obszarów i działań w zakresie zdrowia publicznego – do tradycyjnych zagadnień profilaktyki i diagnostyki kontroli chorób zakaźnych, produkcji szczepionek i surowic dołączyły również zagadnienia z zakresu higieny pracy, kontroli leków, higieny żywności i żywienia czy jakości wody do picia.
II wojna światowa to czas spadku poziomu bezpieczeństwa ludności w zakresie sanitarno-epidemiologicznym oraz degradacja i wyniszczanie istniejących już instytucji. Zakończenie wojny to również czas wyzwań dla bezpieczeństwa sanitarnego ludzi z uwagi na epidemie tyfusu, błonicy czy czerwonki, brak leków i szczepionek oraz tworzenie się dużych, sztucznych skupisk ludzi związanych z migracjami i wysiedleniami.