Między 31 maja 1992 a 26 czerwca 1994 uruchomiono dworzec jako prowizoryczny punkt końcowy pociągów regionalnych do Nauen, następnie przeniesiono je na Westkreuz, aby umożliwić renowację i reaktywację kolei obwodowej. Po wieloletnim remoncie otwarto ją 15 kwietnia 1997 dla pociągów S-Bahn, po 17 latach przerwy. Sam dworzec został zbudowany właściwie od podstaw w miejscu poprzedniego. Od 1999 linię przedłużono o dwie stacje na wschód, do stacji Westhafen, a w 2002 uruchomiono całą Ringbahn.
Od 28 maja 2006, wraz z uruchomieniem grzyba kolejowego, na dworcu zatrzymują się ponownie pociągi regionalne – linia przyspieszona RE4, przeciętnie raz na godzinę i kierunek.
Stacja metra
Stacja metra Jungfernheide została otwarta 1 października 1980 wraz z odcinkiem linii U7 Rohrdamm – Richard-Wagner-Platz. Planowano możliwość przesiadki na S-Bahn, lecz wstrzymano na niej ruch dwa tygodnie przed otwarciem stacji metra. Stację, jak wiele innych w tym czasie, zaprojektował architekt Rainer Gerhard Rümmler. Ściany zatorowe zdobione są wielobarwnymi kwiecistymi wzorami, jednak ze względu na słabe oświetlenie stacja wydaje się bardzo ciemna.