31 maja 1941 w sobotę przed świętem Szawuot w synagodze odbyło się pierwsze nabożeństwo. 1 czerwca o godzinie 9.30 nastąpiło uroczyste otwarcie synagogi, na remont której przeznaczono ogromną sumę pieniędzy. Wniesienia Tory i dwukrotnego obejścia z nią synagogi dokonał osobiście Adam Czerniaków. Na zakończenie dnia w synagodze kantor dostał ataku paraliżu i odwieziono go do szpitala. Pod koniec lipca zorganizowano specjalny konkurs na stanowisko nadkantora dzielnicy warszawskiej.
19 października w synagodze odbył się koncert muzyki oratoryjnej z okazji Miesiąca Dziecka. Prezentowano liczne utwory chóralne do tekstów Starego Testamentu w wykonaniu Lewandowskiego, Naumburga, Bernsteina oraz Zilberca. Swoje utwory wykonał chór synagogalny pod batutą Mariana Neuteicha, wirtuoz skrzypcowy Henryk Reinberg, organista Izrael Fajwiszys, a partie solowe wykonali m.in. bas-baryton GoldnerGazeta Żydowska 1941..
30 marca 1942 na polecenie Heinza Auerswalda synagoga została zamknięta, a jej klucze trafiły do Służby Porządkowej. Synagoga stała się miejscem tymczasowego lokowania Żydów zwożonych m.in. z okupowanych Czech.