Ponadto, pozbawił godności wszystkich biskupów, zezwalających na łamanie celibatu, w zamian za łapówki. Szczególnie przeciwni tym zmianom byli księża z Niemiec i Francji. Prawdziwe zaognienie sporu z biskupami i władzą cesarską spowodował spór o inwestyturę, czyli mianowanie biskupów przez książąt świeckich.
W wigilię Bożego Narodzenia 1075, gdy Grzegorz odprawiał pasterkę w kościele św. Marii Maggiore, do krypty wpadła nagle grupa uzbrojonych żołnierzy, najemnicy złapali papieża za włosy i zranionego wywlekli sprzed ołtarza. Zamknięto go w ufortyfikowanej wieży, gdzie był torturowany i wyśmiewany. Następnego dnia papieża odbito, wierni doprowadzili go do kościoła, by dokończył mszę z poprzedniego dnia.
Z początku król Henryk IV Salicki był przychylny reformom, lecz nie zamierzał podporządkować się dekretowi o inwestyturze. Gdy 9 czerwca 1075 zakończył walkę z Sasami, sam wpłynął na mianowanie biskupów w Mediolanie, Niemczech, a także w Spoleto i Fermo. Dowiedziawszy się o tym, Grzegorz ostro upomniał króla i zagroził mu klątwą. W wyniku tego 24 stycznia 1076 król, wraz z biskupami niemieckimi, odbył synod w Wormacji, na którym wystosował list do papieża żądając, by ten opuścił Stolicę Piotrową. Kilka miesięcy później, Grzegorz odpowiedział na synodzie wielkopostnym, ekskomunikując Henryka i pozbawiając go władzy świeckiej.