Został ostatecznie powiązany z przedstawicielami grupy barito w południowym Kalimantanie w Indonezji. Za historyczną ojczyznę tego języka uważa się południowo-wschodnią część Borneo; ; .. W szczególności lokalny język ma’anyan uchodzi za najbliżej spokrewniony z malgaskim. Związek genealogiczny między malgaskim a ma’anyan przeanalizował Otto Christian Dahl w 1951 r. Rodzinę barito, łączącą szereg języków Borneo z rejonu dorzecza Barito, wyróżnił A.B. Hudson w 1967 r.; . Inne pokrewne języki barito, tworzące z malgaskim i ma’anyan postulowaną grupę południowo-wschodnią, to dusun witu, dusun malang i samihim.
Podstawowe słownictwo malgaskie ma w przeważającej mierze korzenie indonezyjskie (austronezyjskie). Poza słownictwem odziedziczonym występują wpływy leksykalne innych języków austronezyjskich (malajskiego i jawajskiego), a także arabskiego, sanskrytu i języków bantu; ; .. W porównaniu do ma’anyan (i pozostałych języków barito południowo-wschodnich) malgaski charakteryzuje się konserwatywną morfosyntaktyką oraz innowacyjną fonologią.