Sprawa baz stała się przedmiotem sporu między Gruzją i Rosją, bowiem Rosja nie wywiązywała się z terminów i przedłużała pobyt swych wojsk w Gruzji. Dopiero w listopadzie 2005 roku prezydenci Micheil Saakaszwili i Władimir Putin uzgodnili warunki zamknięcia wszystkich baz w Gruzji, jednak nie dotyczyło to bazy w Gudaucie. Po wojnie w Osetii Południowej w 2008 i uznaniu przez Rosję niepodległości Abchazji, obie strony podpisały umowę, a Rosja zagwarantowała bezpieczeństwo Abchazji, w związku z czym zdecydowała się na rozbudowę swojej bazy wojskowej w Gudaucie, która ma liczyć docelowo 3700 żołnierzy. Podczas swojej wizyty w Abchazji w sierpniu 2009, premier Władimir Putin ogłosił, że Rosja zainwestuje znaczne środki finansowe w rozbudowę bazy w Gudaucie, gdzie mają stacjonować m.in. czołgi T-62, lekkie pojazdy opancerzone, systemy obrony powietrznej S-300 i siły powietrzne. 17 lutego 2010 w Moskwie ministrowie obrony Rosji i Abchazji podpisali umowę o funkcjonowaniu rosyjskiej bazy wojskowej w Gudaucie. Zgodnie z nią, umowa ma obowiązywać przez 49 lat z możliwością dalszego jej przedłużenia.