W XVII-XIX wieku Zugdidi było jednym z ważnych ośrodków politycznych i kulturalnych Megrelii i całej Gruzji. Słynny gruziński średniowieczny poemat epicki Rycerz w tygrysiej skórze został przepisany przez Mamukę Tawakalaszwili tutaj na dworze księcia Lewana II Dadianiego w 1646 roku.
thumb|Ogród Botaniczny w Zugdidi
Podczas wojny krymskiej (1853–1856) siły osmańskie z Omerem Paszą zajęły Zugdidi w 1855 r. Na przełomie 1855 i 1856 r. miasto zostało wyzwolone przez milicję Megrelii pod dowództwem generała-majora księcia Grigola Dadianiego. Z rozkazu Iskendera Paszy Turcy splądrowali, spalili i zniszczyli całe miasto, zwłaszcza pałace i ogród botaniczny. Wiele budynków zostało również poważnie uszkodzonych podczas gruzińskiej wojny domowej w latach 1992–1993.
W 1993 r. mieściła się tam administracja pierwszego prezydenta Gruzji Zwiada Gamsachurdii oraz Rada Najwyższa Republiki Gruzji.
Klimat Zugdidi ma wilgotny klimat subtropikalny (Cfa) zgodnie z klasyfikacją klimatu Köppena.