Wielkim Mistrzem Zakonu jest od 8 grudnia 2019 r. kardynał Fernando Filoni. Oprócz Wielkiego Mistrza w skład ścisłych władz Zakonu wchodzą Wielki Przeor Zakonu, łaciński patriarcha Jerozolimy kardynał Pierbattista Pizzaballa, oraz Asesor Zakonu, arcybiskup Tommaso Caputo. Naczelnym kierownictwem administracyjnym Zakonu jest Wielkie Magisterium, którego Prezydium obejmuje Zwierzchnika Generalnego, Gubernatora Generalnego, Wicegubernatorów Generalnych, Kanclerza i Ceremoniarza.
Główna siedziba administracyjna Zakonu mieści się w kościele św. Onufrego w Rzymie, a oficjalne sale recepcyjne w . Kościół św. Onufrego jest eksterytorialną własnością Państwa Watykańskiego. Zakon opiekuje się przy nim niewielkim muzeum poety Torquata Tassa, autora eposu rycerskiego Jerozolima wyzwolona (1581).
Zakon Rycerski Grobu Bożego w Polsce
Do XX wieku bożogrobcy jako zakon rycerski nie posiadali w Polsce struktur organizacyjnych ani majątków. W swojej gałęzi duchownej, Kanoników Regularnych Grobu Bożego, zostali sprowadzeni do Polski w 1163 r. przez Jaksę z Miechowa, który osadził ich w swoich dobrach i ufundował klasztor bożogrobców w Miechowie. W 1819 r. zakon uległ kasacie.