ukazały się m.in. gra logiczna Puyo Pop oraz gra akcji Billy Hatcher and the Giant Egg. W wywiadzie z 2006 roku Naka stwierdził, że zespół zawsze planował swoje najważniejsze tytuły z myślą o konkretnym sprzęcie Segi, i przyznał, że brakuje mu tego rodzaju wyzwań. Po wycofaniu Dreamcasta Yasuhara odszedł do studia Naughty Dog. Naka nadal przywiązywał jednak wagę do oryginalności: zamiast Sonic Adventure 3 Sonic Team wyprodukował Sonic Heroes, sięgnął po kolekcjonerską grę karcianą w Phantasy Star Online Episode III: C.A.R.D. Revolution i stworzył autorską grę Billy Hatcher. Trwałą popularność Sonica Naka tłumaczył atrakcyjnością postaci dla dzieci i deklarował, że jego celem jest dotarcie do możliwie najszerszej publiczności.

Powrót do struktur Segi i odejście Naki (2003–2008) Na początku 2003 roku prezes Segi Hideki Sato i dyrektor operacyjny Tetsu Kamaya ogłosili rezygnację ze stanowisk; następcą Sato został Hisao Oguchi, dotychczasowy szef studia Hitmaker. W ramach planu restrukturyzacji Oguchi zapowiedział skonsolidowanie studiów Segi do „czterech lub pięciu” podstawowych jednostek.