Początki działalności politycznej Po wojnie Marcos w latach 1946–1947 pełnił funkcję asystenta Manuela Roxasa, pierwszego prezydenta niepodległych Filipin. W latach 1949–1959 sprawował mandat deputowanego do Izby Reprezentantów, a w latach 1959–1965 zasiadał w senacie. Wkrótce potem rozpoczął starania o uzyskanie nominacji prezydenckiej z ramienia Partii Liberalnej. Wobec braku poparcia liberałów postanowił związać się z Partią Narodową i wystąpić przeciw kandydatowi liberałów Diosdado Macapagalowi. Po zaciętej kampanii wyszedł zwycięsko z konfrontacji wyborczej i 30 grudnia 1965 roku został prezydentem Filipin. Cztery lata później wybrano go ponownie.
Rządy prezydenckie Pierwsze dwie kadencje Marcosa znaczą ważne reformy, służące poprawie sytuacji rolnictwa, przemysłu i edukacji. Stopniowo jednak w kraju zaczęły nasilać się różnorakie konflikty i napięcia. W odpowiedzi Marcos 21 września 1972 roku wprowadził stan wyjątkowy i przeprowadził masowe aresztowania politycznych przeciwników. Rozwiązał parlament i wprowadził nową konstytucję, znacznie zwiększającą jego władzę. W styczniu 1981 roku zniósł stan wyjątkowy, w dalszym ciągu jednak sprawował władzę za pomocą dekretów.