Od IX wieku lokalne dynastie uniezależniły się od Arabów i znalazły się we wpływach kolejno Persów, Turków i Chorezmu. Kraj wyniszczyły najazdy mongolskie, a jedynie okres rządów Timurydów w XV wieku był krótkim etapem ożywienia gospodarki i kultury afgańskiej. W XVI wieku kraj podzielono między Persję, państwo Wielkich Mogołów i chanat uzbecki.
I Emirat Państwo afgańskie utworzył w XVIII wieku Ahmad Szah Durrani, którego państwo obejmowało północne Indie, utracone w okresie rządów jego następców. Kraj po serii wojen domowych ponownie zjednoczył emir Dost Mohammad Chan. Kraj w XIX wieku był miejscem rywalizacji Rosji i Wielkiej Brytanii (tzw. Wielka Gra).
thumb|lewo|Masakra armii Elphinstone’a 6 – 13 stycznia 1842 Obawy o zwiększenie wpływów Rosji w Afganistanie doprowadziły do interwencji brytyjskiej w Afganistanie, w wyniku której doszło do wojny trwającej przez cały XIX wiek. Panujący u progu XX wieku emir Abdurrahman Szah zgodził się na brytyjską kontrolę nad polityką zagraniczną i wprowadził politykę izolacjonizmu. W 1893 roku rząd Afganistanu pozwolił, w obawie przed wojną, na włączenie części obszarów afgańskich do Indii Brytyjskich (linia Duranda). W 1919 roku doszło do kolejnej wojny z Wielką Brytanią spowodowanej afgańską chęcią odzyskania utraconych terenów.