Ekologia thumb|Rozległy płat kolcowidłaka jałowcowatego Siedlisko Występuje w klimacie umiarkowanym i zimnym. Jest rośliną cieniolubną i kwasolubną, unikającą podłoża wapiennego. Najlepiej rośnie w miejscach wilgotnych i świeżych porośniętych mchami, na podłożu organicznym – od gleb torfowych po piaszczyste i kamieniste, ale z udziałem torfu lub próchnicy. W optymalnych warunkach tworzy rozległe łany, zwłaszcza na obrzeżach torfowisk, w bagiennych brzezinach i borach bagiennych. Rzadziej i zwykle mniej obficie rośnie w kwaśnych buczynach i wrzosowiskach. W miejscach prześwietlonych, w tym po cięciach w drzewostanie, słabiej zarodnikuje. W górach rośnie w borach świerkowych na rumoszu skalnym i w zaroślach kosodrzewiny. W Alpach gatunek ten rośnie do wysokości 2830 m n.p.m., osiąga ok. 1200 m n.p.m. w Sudetach, do 1650 m n.p.m. w Tatrach i 1300 m n.p.m. w Bieszczadach Zachodnich.
Fitosocjologia Gatunek charakterystyczny dla O. Vaccinio-Piceetalia, Ass. Vaccinio-uliginosi-Betuletum pubescentis i Ass. Abietetum polonicum.