Wyodrębnienie archeonów W 1977 roku zostało stwierdzone przez Carla Woese na podstawie badań sekwencji 16S rRNA, że archeony stanowią odrębną linię ewolucyjną i są (filogenetycznie) podobnie bliskie bakteriom właściwym jak eukariontom, w związku z czym nadał każdej z tych trzech grup nowo utworzoną kategorię urkrólestwa, a w 1990 r. przemianował je na domeny i uznał pokrewieństwo archeonów z organizmami jądrowymi za bliższe niż z bakteriami. Jego podział został potwierdzony przez wiele późniejszych badań, jednakże wciąż jest kwestionowany przez niektórych naukowców; można wyróżnić kilka powodów jego krytyki:

parafiletyzm archeonów będących – według wielu badań – bezpośrednimi przodkami eukariontów, a nie ich grupą siostrzaną (parafiletyzm nie jest dopuszczany w klasyfikacjach kladystycznych), wyższa (w systematyce ewolucyjnej) waga podobieństwa morfologicznego (w tym kontekście dotyczącego cech homologicznych) niż monofiletyzmu grup w klasyfikacji, w związku z którą archeony należałoby zaliczyć do parafiletycznej grupy prokariontów, parafiletyzm bakterii będących – według niektórych badań – przodkami zarówno archeonów, jak i eukariontów.