Thiomargarita namibiensis i Epulopiscium fishelsoni (występujący wyłącznie w przewodzie pokarmowym ryb z gatunku Acanthurus nigrofuscus) – mogą dorastać nawet do 750 µm i są widoczne gołym okiem; do najmniejszych bakterii należą te z rodzaju Mycoplasma które, osiągając nie więcej niż 300 nm średnicy (zazwyczaj jest to ok. 175 nm), nie przekraczają wielkością dużych wirusów, Niektóre bakterie mogą być jeszcze mniejsze, ale ultramikrobakterie nie zostały na razie dokładnie zbadane.
Bakterie o kształcie kulistym – ziarenkowce (łac. coccus, z gr. kókkos, czyli ziarno, nasiono) – stanowią większość. Częsty jest też kształt pałeczki (łac. baculus, drążek). Niektóre bakterie o podłużnym kształcie są lekko wygięte w kształcie przecinka, dlatego nazywane są przecinkowcami (łac. vibrio). Inne mogą być w kształcie spirali – śrubowce (łac. spirilla) – lub ściśle zwiniętych sprężynek – krętki (łac. spirochetae). Niewiele gatunków ma inne, specyficzne kształty. Różnorodność kształtów zależna jest od występowania i rodzaju ściany komórkowej bakterii oraz jej cytoszkieletu. Może ona wpłynąć na zdolność bakterii do zdobywania składników odżywczych, przemieszczania się w cieczach i ucieczki przed drapieżnikami oraz na możliwości czepne powierzchni komórki.