Ta technika klasyfikacji rozwinęła się dzięki odkryciom kladystyki i genetyki, które teraz skupiają się nie na podobieństwie fizycznym i podobnej charakterystyce lecz na filogenezie.
Tradycyjnie organizmy żywe zostały umieszczone w pięciu królestwach:
Prokarionty (Prokaryota) -- Protisty (Protista) -- Grzyby (Fungi) -- Rośliny (Plantae) -- Zwierzęta (Animalia).
Obecnie wielu naukowców uważa system pięciu królestw za przestarzały. Współczesne, alternatywne systemy klasyfikacji dzielą organizmy na trzy królestwa:
Archeowce (Archaebacteria) -- Bakterie (Eubacteria) -- Jądrowce (Eukaryota).