Później opracowano także wersję wystrzeliwaną z okrętów podwodnych SM39, która ma postać wodoszczelnego kontenera z pociskiem, wystrzeliwanego z będącego w zanurzeniu okrętu podwodnego. Po wzniesieniu się nad powierzchnię wody, kontener otwiera się uwalniając pocisk rakietowy.
Opis konstrukcji Exocet jest pociskiem rakietowym typu wystrzel i zapomnij, charakteryzującym się bardzo niskim pułapem lotu, od około 2 do 10 metrów (w zależności od stanu morza) i dużym zasięgiem około 70 km. Napęd Exoceta stanowią dwa silniki rakietowe na paliwo stałe, z których pierwszy, startowy, działający przez 2 sekundy ma nadać pociskowi prędkość początkową, a drugi, marszowy, działający przez 110-150 sekund służy do kontynuowania lotu. System naprowadzający składa się z bezwładnościowego systemu nawigacyjnego kierującego pocisk przez większą część lotu i system radarowy samonaprowadzający go na cel w ostatniej fazie lotu. Taki sposób naprowadzania ma na celu zminimalizowanie prawdopodobieństwa wykrycia pocisku przez detektory promieniowania radarowego. Z kolei konstrukcja pocisku zoptymalizowana w taki sposób, aby jego echo radarowe było niskie, wpływa na trudność jego wykrycia przez aktywne systemy radarowe przeciwnika.