Rada Zakonu, za zgodą protektora cara Aleksandra I, zwróciła się w 1802 roku do papieża Piusa VII o wyznaczenie nowego wielkiego mistrza. W roku 1803 papież zatwierdził wybór Jana Chrzciciela Tomassiego, wspieranego przez prawosławny wielki przeorat Rosji.
Czasy współczesne thumb|Flaga zakonu thumb|Jeden z symboli zakonu – krzyż maltański thumb|Skrzynki pocztowe w urzędzie pocztowym zakonu na Via Bocca di Leone w Rzymie thumb|Punkt humanitarnej pomocy medycznej Zakonu Maltańskiego na dworcu kolejowym, Kraków Główny
Po upadku Napoleona zakon odzyskał część swoich dóbr na Sycylii i w okolicach Ferrary, jednak trudności finansowe zmusiły Kawalerów Maltańskich do ich porzucenia i przeniesienia swojej siedziby do Rzymu.
W XIX wieku rozproszeni po Europie kawalerowie maltańscy zaczęli zakładać nieformalne stowarzyszenia świeckie, będące odtworzeniem dawnej struktury przeoratów. Część z nich miała charakter katolicki, część – protestancki.