We wrześniu tego samego roku Clijsters razem z Kirsten Flipkens triumfowały w wielkoszlemowym US Open, po finale z amerykańskim duetem Robinson i Zawacki.
16 grudnia 2002 objęła przewodnictwo w deblowej klasyfikacji juniorek ITF, natomiast w grze pojedynczej zajmowała najwyżej 28. miejsce (według notowań z 6 stycznia 2003). Została też uznana juniorską Mistrzynią Świata ITF w grze podwójnej.
Status profesjonalnej tenisistki otrzymała w 2000 roku.
Gra pojedyncza Elke Clijsters rozpoczęła występy w WTA Tour od udziału w eliminacjach do turnieju w Antwerpii w maju 2000. Doszła tam do drugiej rundy. W sierpniu osiągnęła ćwierćfinał imprezy ITF w Koksijde, gdzie w meczu otwarcia wyeliminowała najwyżej rozstawioną Mireille Dittmann. W lutym 2002 zagrała swój pierwszy pojedynek w drabince głównej turnieju WTA. Miało to miejsce w Antwerpii, Belgijka poległa jednak w konfrontacji z Patty Schnyder. W sierpniu po raz pierwszy awansowała do półfinału zmagań kobiecych ITF w Rebecq, przegrała tam z Virginie Pichet. W półfinale turnieju tej samej rangi w Sztokholmie w październiku została pokonana przez rozstawioną z pierwszym numerem Martę Domachowską.