Habilitację uzyskał w 1980 roku w Instytucie Podstaw Informatyki PAN.
Wraz ze swym doktorantem Tomaszem Imielińskim stworzył podwaliny teorii niezupełnej informacji w relacyjnych bazach danych. Od 1978 do 1985 r. Lipski badał szereg zagadnień związanych z niezupełną informacją w relacyjnych bazach danychWitold Lipski Jr. On Semantic Issues Connected with Incomplete Information Databases. ACM Trans. Database Syst. 4(3): 262-296 (1979)Tomasz Imieliński, Witold Lipski Jr. On Representing Incomplete Information in a Relational Data Base. VLDB 1981: 388-397Witold Lipski Jr. On Databases with Incomplete Information. J. ACM 28(1):41-70 (1981). Także we współpracy z Imielińskim, studiował zagadnienia związane z semantyką relacyjnych baz danychTomasz Imielinski, Witold Lipski Jr. The Relational Model of Data and Cylindric Algebras. J. Comput. Syst. Sci. 28(1): 80-102 (1984). Badania te oparte były na teorii algebr cylindrycznych, studiowanych w dziedzinie matematyki nazywanej algebrą uniwersalną.