W 1974 podjął pracę w Szpitalu Psychiatrycznym w Garwolinie, gdzie mieścił się oddział dla osób uzależnionych od narkotyków (w owym czasie z powodów ideologicznych problemowi temu zaprzeczały władze). W 1980 był uczestnikiem spotkania założycielskiego szpitalnej "Solidarności", jednak ruch ten ostatecznie go nie wciągnął.

Widząc że tradycyjne metody leczenia nie dają pozytywnych rezultatów, rozpoczął pracę metodą społeczności terapeutycznej wzorowanej na doświadczeniach Synanonu – założonej przez Charlesa Dedericha pierwszej w świecie organizacji stawiającej sobie za cel leczenie narkomanów właśnie tą metodą.

Choć Monar jako stowarzyszenie zarejestrowany został dopiero w roku 1981, to jego pierwszy ośrodek założono już 15 października 1978 r. w Głoskowie pod Garwolinem. Urządzono go w opuszczonym i częściowo zrujnowanym dworku, gdzie Marek Kotański rozpoczął pracę z grupą pacjentów ze szpitala w Garwolinie. Efekty okazały się dużo lepsze, niż się spodziewano. Obecnie jest ponad 105 ośrodków Monaru (stan na 13.02.2024).

Od 1986 był członkiem Rady Konsultacyjnej przy Przewodniczącym Rady Państwa Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej Wojciechu Jaruzelskim.