Największą rzeką jest tutaj Río Grande, która tworzy naturalną granicę ze Stanami Zjednoczonymi Ameryki. Dopływ Rio Grande – Conchos bierze swój początek na Mesie Północnej. Ze względu na bliskość Sierra Madre Zachodniej i Wschodniej rzeki na wschodnim i zachodnim wybrzeżu są krótkie i płyną wartkim nurtem. Na nizinach rozciągających się nad Pacyfikiem – Yaqui, Fuerte i Culiacán posłużyły do stworzenia rozbudowanego systemu nawadniania terenów rolnych. Skąpe opady w rejonie Półwyspu Kalifornijskiego oraz porowate wapienne skały wchodzące w skład Jukatanu sprawiły, że w regionach tych praktycznie brak jest większych powierzchniowych rzek.
Gleby Południowa część kraju ze względu na swój tropikalny charakter w przeważającej części składa się z gleb laterytowych. Posuwając się na południowy wschód można zauważyć, że ziemia staje się bardziej czerwonawa i żółta, co jest spowodowane występowaniem dużych ilości wodorotlenków żelaza i aluminium i wypłukiwaniem cennych składników przez wodę co czyni ją słabo przydatną dla rolnictwa. Z kolei