Została również uchwalona nowa flaga kolonii. Była to niebieska flaga, z umieszczoną w kantonie flagą Wielkiej Brytanii oraz herbem kolonii po prawej stronie. Rodezja Południowa w 1953 roku weszła w skład federacji Federacji Rodezji i Niasy. W trakcie istnienia federacji flagą był brytyjski Blue Ensing z godłem federacji po prawej stronie flagi. W 1963 federacja została rozwiązana, a Rodezja Południowa znów stała się autonomiczną kolonią.
W październiku 1965 roku biała mniejszość zamieszkująca kolonię, pod przywództwem Iana Smitha, jednostronnie ogłosiła niepodległość, jednocześnie zmieniając nazwę kraju na Rodezja. Od 1964 do 1968 używano podobnej flagi do flagi Rodezji Południowej, acz z bardziej jasnym odcieniem niebieskiego. 11 listopada 1968, w trzecią rocznicę ogłoszenia niepodległości, przyjęto nową flagę, aby zaznaczyć zerwanie więzi z Wielką Brytanią. Nowa flaga składała się z pionowych dwóch pasów zielonych oraz jednego pasa białego pośrodku z godłem Rodezji.