Podobnie było w 1990, kiedy Prokuratura Wojewódzka w Radomiu po raz drugi próbowała ustalić okoliczności jego śmierci, ale i to postępowanie zostało również umorzone.

Instytut Pamięci Narodowej również starał się ustalić prawdziwe przyczyny jego śmierci, prowadząc przez swoich prokuratorów z pionu śledczego postępowanie w sprawie funkcjonowania grupy „D” Służby Bezpieczeństwa, struktury odpowiedzialnej za najdrastyczniejsze szykany przeciwko księżom w czasach PRL, w tym i skrytobójcze morderstwa. Ustalenia prokuratorów w 2013 nie pozwoliły wznowić umorzonych wcześniej postępowań.

Proces beatyfikacyjny W 2004 biskup sandomierski Andrzej Dzięga powołał Ośrodek Dokumentacji Życia i Działalności Księdza Romana Kotlarza, który gromadzi materiały i dokumenty potrzebne do ewentualnej jego beatyfikacji.