Umożliwiono dostęp do nauki studentom pochodzącym z mieszczaństwa.
W latach Rzeczypospolitej Krakowskiej (1815–1846) Uniwersytet Jagielloński odgrywał istotną rolę w życiu politycznym, jednak ani poziom nauczania, ani liczba studentów nie podniosły się znacząco. W pierwszej połowie XIX wieku większymi ośrodkami akademickimi od krakowskiego stały się uczelnie w Warszawie i Wilnie. Dopiero przyznanie Galicji autonomii w ramach monarchii austro-węgierskiej w 1867 przyniosło poprawę sytuacji uniwersytetu, prowadząc do dynamicznego rozwoju badań przyrodniczych i humanistyki.
Pierwsze kobiety mogły podjąć studia na uczelni w 1894. Pierwsza kobieta została wykładowczynią w 1927. W dwudziestoleciu międzywojennym Uniwersytet Jagielloński kontynuował działalność i był dużym ośrodkiem akademickim w odrodzonej Polsce (1918–1939). W roku akademickim 1937/38 na wszystkich wydziałach uniwersytetu wprowadzono zasadę numerus clausus dla studentów pochodzenia żydowskiego, a w roku akademickim 1938/39 nie przyjęto żadnej osoby pochodzenia żydowskiego na medycynę i farmację.