Po transformacji w 1989 uniwersytet rozpoczął działalność w nowych warunkach, przywrócono mu szeroką autonomię. W 1993 włączono na powrót w struktury UJ Collegium Medicum.
Wśród absolwentów uczelni na przestrzeni lat byli ludzie kultury, nauki, duchowni, politycy oraz władcy, m.in. astronom Mikołaj Kopernik (XV w.), poeta Jan Kochanowski (XVI w.), król Polski Jan III Sobieski (XVII w.), pisarz oświeceniowy Hugo Kołłątaj (XVIII w.), fizyk Karol Olszewski (XIX w.), antropolog Bronisław Malinowski, pisarz Stanisław Lem i prezydent RP Andrzej Duda (XX w.). Studiowali na niej również (nie uzyskując dyplomu) m.in. historyk Jan Długosz (XV w.), artysta Stanisław Wyspiański, przyszły papież Karol Wojtyła i poetka Wisława Szymborska (XX w.). Wśród wybitnych profesorów byli prawnik Paweł Włodkowic (XV w.), medyk i historyk Maciej Miechowita (XVI w.), historycy Józef Szujski, Michał Bobrzyński (XIX w.) i Władysław Konopczyński oraz filozof Roman Ingarden (XX w.).