15 lipca 1939 przemawiał podczas organizowanych przez Stronnictwo Narodowe obchodów rocznicy grunwaldzkiej w sali Stowarzyszenia Techników w Warszawie. W toku kampanii wrześniowej wyjechał z rodziną do Lublina, a następnie 18 września ewakuował się wraz z rządem RP do Rumunii, skąd przedostał się do Francji. 6 listopada 1939 roku minister spraw wojskowych, generał dywizji Władysław Sikorski, mianował go szefem Sądownictwa Wojskowego i Naczelnym Prokuratorem Wojskowym. 20 czerwca 1940 roku został awansowany na pułkownika w korpusie oficerów audytorów. W ostatnim tygodniu czerwca dotarł po ewakuacji z Francji do Londynu. Od 24 sierpnia 1940 roku był prezesem-założycielem Stowarzyszenia Prawników Polskich w Zjednoczonym Królestwie. 28 czerwca 1944 roku został przeniesiony w stan spoczynku.
Po wojnie został współzałożycielem Instytutu im. generała Władysława Sikorskiego w Londynie. Od 1964 roku był jego honorowym członkiem. Z małżeństwa z Jadwigą z Ciepielowskich, zawartego w 1908 roku, miał córkę Stefanię, zamężną Kossowską – pisarkę i dziennikarkę oraz syna Stanisława – prawnika. Zbigniew Stypułkowski scharakteryzował jego poglądy polityczne jako narodowe, lecz niezależne.
Zmarł 10 sierpnia 1965 roku w Londynie.