Konsekwencją ujawnienia instrukcji (wobec fali krytyki) było przesunięcie Czubińskiego z Prokuratury do MSW.

Jako Prokurator Generalny był także m.in. członkiem Prezydium Rady Legislacyjnej przy Prezesie Rady Ministrów (1973–1980) oraz członkiem Komitetu Nauk Prawnych Polskiej Akademii Nauk (1972–1980). W 1975 uczestniczył w konsultacjach projektu nowego kodeksu karnego. W latach 1976–1980 był docentem na Wydziale Prawa Uniwersytetu Łódzkiego, gdzie wykładał prawo karne oraz prowadził seminarium magisterskie. Z kolei w latach 1976–1981 prowadził seminarium doktoranckie w Instytucie Problematyki Przestępczości w WarszawieJ. Królikowski: Generałowie i Admirałowie Wojska Polskiego 1943–1990, tom I: A-H, Wydawnictwo Adam Marszałek, Toruń 2010, s. 293–295.