W sierpniu 1991 został zatrzymany przez mołdawską policję i uwięziony, jednak masowy strajk w Naddniestrzu skłonił władze w Kiszyniowie do jego zwolnienia miesiąc później.
1 grudnia 1991 Igor Smirnow wygrał wybory na prezydenta NaddniestrzaJ. Solak, Mołdawia..., s. 101.. Przeprowadzenie wyborów i referendum, w którym mieszkańcy lewego brzegu poparli ideę niepodległego Naddniestrza skłoniły rząd w Kiszyniowie do próby siłowego odzyskania kontroli nad Naddniestrzem. Wybuchła wojna o Naddniestrze, trwająca faktycznie od grudnia 1991 do lipca 1992. Zakończyła się ona sukcesem strony naddniestrzańskiej dzięki pomocy stacjonującej w tym regionie rosyjskiej 14 Armii. 21 lipca 1992 pod naciskiem rosyjskiego prezydenta Borysa Jelcyna Igor Smirnow oraz prezydent Mołdawii Mircea Snegur zgodzili się na zawieszenie broniJ. Solak, Mołdawia..., s. 115-116..