Kościół św. Bernardyna ze Sieny – zabytkowy rzymskokatolicki kościół rektoralny i konwentualny bernardynów, znajdujący się w Krakowie, w dzielnicy I Stare Miasto przy ul. Bernardyńskiej 2, na Stradomiu.
Historia Powstanie klasztoru wiąże się z pobytem w Krakowie św. Jana Kapistrana, kaznodziei, który przybył w 1453 roku na zaproszenie króla Kazimierza Jagiellończyka i biskupa krakowskiego kardynała Zbigniewa Oleśnickiego. Jan Kapistran reprezentował zakon obserwantów reguły św. Franciszka z Asyżu. W Polsce zreformowaną gałąź zakonu braci mniejszych zwano bernardynami.
Kardynał Zbigniew Oleśnicki od swojego brata Jana wojewody sandomierskiego pozyskał posiadłość na Stradomiu i ofiarował zakonnikom. Po śmierci Oleśnickiego budową nowego kościoła kierował Jan Długosz, fundatorem zaś był Jan Hińcza z Rogowa kasztelan sandomierski.
W latach 1645–1647 przebudowano całkowicie gotycki korpus kościoła. Podczas potopu szwedzkiego został on doszczętnie zrujnowany.