Jedyną pamiątką po zburzonej budowli jest obecnie figura Matki Bożej, która stoi na kolumnie pośrodku placyku – dawnego cmentarza – w narożniku ulic Stradomskiej i Bernardyńskiej, u podnóża WaweluMarek Żukow-Karczewski,Nie istniejące budowle Krakowa. Brama przed kościołem Bernardynów, „Echo Krakowa”, 14 czerwca 1994 r., nr 114 (14186)..W 1883 roku majster murarski Alfred Zajączkowski prowadził prace związane z rozbudową budynku klasztornego. W 1907 roku według projektu Jana Sas-Zubrzyckiego rozbudowano refektarz, bibliotekę, furtę oraz bramę wjazdową do klasztoru od strony ulicy Bernadyńskiej.

Architektura Świątynia to trójnawowa bazylika z transeptem. Prezbiterium trochę węższe od nawy głównej, płasko zamknięte. Fasada dwuwieżowa, kopuła przykryta zadaszeniem. W kruchcie kościelnej znajdują się późnorenesansowe nagrobki Stanisława i Zofii Ługowskich. Sklepienie nawy głównej i prezbiterium pokrywa ciekawa dekoracja stiukowa.

Do prezbiterium przylegają dwie kaplice:

Kaplica św. Anny

Boczna kaplica lewego ramienia transeptu. Mieści się w niej późnobarokowy ołtarz z II połowy XVIII wieku z rzeźbą św. Anny Samotrzeciej z końca XV wieku, pochodzącą prawdopodobnie z warsztatu Wita Stwosza. Na ścianie kaplicy wisi barokowy obraz Taniec śmierci (4 ćwierć XVII wieku).

Kaplica św.