Po nawiązaniu kontaktów z Józefem Dambkiem i Augustynem Westphalem został przydzielony do komórki legalizacyjnej. W 1942 roku został instruktorem wyszkolenia bojowego. Następnie objął funkcję szefa Wydziału Operacyjnego Komendy Naczelnej TOW „Gryf Pomorski”. Uczestniczył w rozmowach scaleniowych z Armią Krajową. W literaturze naukowej i popularnonaukowej był nazywany komendantem naczelnym „Gryfa Pomorskiego”. Stanowisko to miał objąć po Grzegorzu Wojewskim ps. „Ferrum”. Faktycznie po raz pierwszy Arendt został nazwany komendantem w raporcie Kaszubowskiego dla MBP z września 1945 roku.
Kontrowersje wzbudzają również informacje o jego aresztowaniu wiosną 1944 roku. W 1949 roku Arendt podał, że 12 kwietnia 1944 roku został aresztowany i przewieziony na przesłuchanie do Gdańska. W 1991 roku mówił, że został aresztowany 12 maja. W niemieckich dokumentach nie znaleziono jakichkolwiek danych dotyczących aresztowania Arendta. Według relacji Jana Żurawicza, dowódcy jednego z oddziałów partyzanckich „Gryfa Pomorskiego”, Arendt został aresztowany 12 marca, tego samego dnia co on. W dokumentach osobowych sporządzonych w obozie koncentracyjnym Stutthof odnotowano datę aresztowania Żurawicza, jednak takowej daty nie ma w aktach Arendta.