Po 1999 roku Roman Dambek i Sławomir Uciński z Zespołu ds. Upamiętniania Etosu TOW „Gryf Pomorski” oskarżali Arendta o bycie agentem gestapo, a następnie NKWD i Urzędu Bezpieczeństwa (UB). Zespół atakował również historyków broniących Arendta. 10 stycznia 2000 roku Zespół wraz z Zjednoczeniem Chrześcijańsko-Narodowym, reprezentowanym przez Jacka Kurskiego poprosiła Instytut Pamięci Narodowej o sprawdzenie, czy Arendt był agentem, a jego działalność wiązała się z rozpracowaniem i likwidacją Tajnej Organizacji Wojskowej „Gryf Pomorski”. Oskarżenia Dambka i Ucińskiego zostały skrytykowane przez środowiska naukowe i pomorskie, samo Zrzeszenie Kaszubsko-Pomorskie podjęło uchwałę w obronie pierwszego prezesa. W następnych latach w prasie lokalnej oraz na materiałach ulotnych publikowano kolejne teksty podważające członkostwo Arendta w „Gryfie Pomorskim”. Sam Arendt złożył pozew do sądu w obronie swojego imienia, jednak zmarł przed ogłoszeniem wyroku. W 2008 roku Andrzej Gąsiorowski w książce Jan Kaszubowski i służby specjalne. Gestapo, Smiersz, UB… na podstawie badań naukowych stwierdził, że Arendt był tajnym współpracownikiem UB i SB, jednak przypuszczalnie był do tej pracy przymuszony.