W trakcie nagrań borykał się z problemami wewnątrz personalnymi na tle artystycznym. W konsekwencji po krótkiej trasie promocyjnej Jens Van Der Valk oraz Beef odeszli z grupy. Skład uzupełnili: basista Henk Zinger oraz gitarzysta Isaac Delahaye. W odnowionym składzie zespół dokończył promocję piątej płyty. W 2004 roku ukazał się szósty album God Dethroned pt. The Lair of the White Worm. Okładkę płyty przygotował polski artysta grafik - Jacek Wisniewski, znany ze współpracy z grupami Vader i Krisiun. W ramach promocji do utworu tytułowego grupa nagrała teledysk.
Również w 2004 roku ukazała się kompilacja różnych wykonawców Seven Gates of Horror – A Tribute to Possessed. Na płycie zadedykowanej twórczości amerykańskiej grupie deathmetalowej Possessed, muzycy God Dethroned zaprezentowali utwór pt. "Satan's Curse". W 2006 roku został wydany siódmy album studyjny kwartetu zatytułowany The Toxic Touch. Pod koniec 2007 roku Ariën van Weesenbeek opuścił zespół ze względu na zobowiązania wobec formacji Epica. Nowym perkusistą został Roel Sanders. W 2009 roku ukazał się ósmy album grupy pt. Passiondale. Koncepcyjny album został oparty na temacie Bitwy pod Passchendaele. Do pochodzących z płyty utworów "Drowning In Mud" i Poison Fog zostały nagrane teledyski. Po nagraniach skład uzupełniła Susan Gerl.