11 grudnia 1959 Maurice Yameogo ogłoszony został pierwszym prezydentem nowo powstałej Republiki Górnej Wolty, 5 sierpnia 1960 oficjalnie proklamował niepodległość państwa. Nie był to jednak koniec planów prezydenta Yameogo. Marzyło mu się stworzenie Federacji Mali, w skład której wchodzić miałyby, prócz Górnej Wolty, Senegal, Francuski Sudan (dzisiejsze Mali), Dahomej (Benin) oraz Wybrzeże Kości Słoniowej. Wspólnie z prezydentem tego ostatniego kraju, Felixem Houphouet-Boigny pracował nawet nad projektem połączenia obu państw, planów tych nigdy jednak nie udało się wprowadzić w życie.

Na przełomie 1965 oraz 1966 roku w Górnej Wolcie wybuchła ogólnokrajowa rebelia spowodowana pogłębiającym się kryzysem gospodarczym. Na jej czele stanął pułkownik Sangoulé Lamizana. Nie chcąc dopuścić do rozlewu krwi, 3 stycznia 1966 prezydent ustąpił ze stanowiska, trafiając do więzienia. W ślad za nim powędrował jego syn, Hermann Yameogo. 8 maja 1969 były prezydent skazany został na pięć lat ciężkich robót oraz dożywotnią banicję. Uwolniony w 1970, pozostał w izolacji politycznej aż do rewolucji 1983 roku.