Początkowo Interkosmos obejmował cztery dziedziny badań: fizykę kosmiczną, meteorologię, łączność oraz biologię i medycynę kosmiczną. Każdą z tych dziedzin zajmowały się odpowiednie zespoły robocze państw członkowskich. Konferencje tych zespołów odbywały się raz w roku, kolejno w poszczególnych państwach członkowskich. Dla usprawnienia działania duże zespoły podzielono na mniejsze, a te z kolei na sekcje, które dodatkowo przeprowadzały zebrania i seminaria. Najwyższym organem koordynującym działalność Interkosmosu była doroczna konferencja przewodniczących komitetów narodowych. W dniu 13 sierpnia 1968 roku kraje biorące udział w programie przesłały na ręce Sekretarza Generalnego ONZ projekt międzynarodowego systemu łącznościowego, o nazwie Intersputnik, przeznaczonego do zaspokajania potrzeb krajów zarówno rozwiniętych, jak i rozwijających się. W 1970 roku podczas spotkania (we Wrocławiu) kierowników narodowych programów kosmicznych przyjęto propozycję by wspólny program nazwać Interkosmosem. Program ten miał na celu umożliwienie partycypacji państwom bloku wschodniego w eksploracji kosmosu. Prawną stronę porozumienia i działania regulowało porozumienie zawarte 13 lipca 1976 roku, a które obowiązywało od 25 marca 1977 roku. Porozumienie zawarte zostało na 10 lat.