16 kwietnia 2012 roku Ljuboja przedłużył umowę z warszawskim zespołem o kolejny rok. Do tego czasu Serb rozegrał w barwach „Wojskowych” 41 spotkań, w których zdobył 12 bramek. Był to jego trzeci najlepszy sezon w karierze, jeśli chodzi o liczbę strzelonych goli. W maju 2013 roku został przesunięty do drużyny grającej w Młodej Ekstraklasie w związku z piciem alkoholu w jednym z warszawskich lokali. Po zakończeniu rozgrywek Legia ogłosiła, że nie przedłuży kontraktu z piłkarzem.
W lipcu 2013 Ljuboja został zawodnikiem francuskiego drugoligowego klubu RC Lens, podpisując roczny kontrakt. W sierpniu 2014 Ljuboja rozwiązał kontrakt z RC Lens za porozumieniem stron.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Serbii i Czarnogóry Ljuboja zadebiutował 12 lutego 2003 roku w zremisowanym 2:2 meczu eliminacji do Euro 2004 z Azerbejdżanem. Następnie selekcjoner Ilija Petković powołał go do kadry narodowej na Mistrzostwa Świata 2006. Na mundialu jego reprezentacja została wyeliminowana już w rundzie grupowej, w której nie zdobyła żadnego punktu i zajęła w swojej grupie ostatnie miejsce. Na niemieckich boiskach Ljuboja pełnił rolę rezerwowego, a na murawie pojawiał się w drugich połowach pojedynków z Holandią (0:1) i Argentyną (0:6).