W lipcu 1561 Mikołaj Radziwiłł Czarny wysłał go z misją poselską do Jana Kalwina i Heinricha Bullingera. W drodze powrotnej zapoznał się z funkcjonowaniem gmin (osad) anabaptystów na Morawach. W kraju rozpoczął ożywioną działalność zborową. W Wilnie początkowo propagował anabaptyzm, a w 1564 ostatecznie przyłączył się do braci polskich, odbywając z M. Wędrogowskim dysputę, w której zwalczał chrzest niemowląt. Swego stanowiska bronił także na synodzie w Węgrowie w grudniu 1565. Po opuszczeniu Wilna przeniósł się na Kujawy, aby tam szerzyć idee unitarianizmu. Na Kujawach (głównie w Niemojewie) przebywał w latach 1565–1568. W 1569 przebywał w Rakowie.
W latach 1570–1598 był ministrem zboru w Lublinie, gdzie znajdował się jeden z najważniejszych ośrodków arianizmu polskiego. Po śmierci Jana Niemojewskiego w 1598, z którym współpracował od ok. 1564, w lubelskim zborze przewagę uzyskało skrzydło braci polskich o umiarkowanych poglądach. Czechowic zrzekł się funkcji ministra zboru.