Otrzymało też status lotniska międzynarodowego. W 1996 r. uruchomiono nowy terminal międzynarodowy. W 2007 Port Lotniczy Tołmaczowo otrzymał nagrodę lidera rosyjskiej branży transportowej. Obecnie istnieją dwa (3600 m i 3605 m) pasy startowe, wraz z 2 terminalami pasażerskimi, 1 terminalem cargo i płytą postojową na 61 samolotów. Terminala krajowego został całkowicie odremontowany w 2006 roku. Lotnisko Tołmaczowo jest pierwszym rosyjskim lotniskiem, które otrzymało certyfikat ISO 9002-96. W 2003 r. to właśnie na lotnisku Nowosybirsk-Tołmaczowo został aresztowany znany rosyjski biznesmen Michaił Chodorkowski. Obecnie lotnisko jest w stanie obsłużyć 1800 pasażerów na godzinę na trasach krajowych i 750 pasażerów na godzinę na trasach międzynarodowych. Władze lotniska przewidują, że w roku 2012 przez Tołmaczowo przewinie się 3,155,000 pasażerów, co będzie oznaczać wzrost w stosunku do 2011 roku o 11%.
Statystyki Rok Liczba pasażerów Rok Liczba pasażerów 2006 1,656,901 2009 1,804,297 2007 1,873,500 2010 2,261,630 2008 2,109,424 2011 2,765,884