Wraz z przejęciem przez Mandżurów władzy w Chinach w 1644 Mongolia Wewnętrzna stała się ich częścią.
Po powstaniu Republiki Chińskiej w Mongolii Wewnętrznej narodził się ruch niepodległościowy. W okresie międzywojennym ówczesne władze chińskie podzieliły Mongolię Wewnętrzną na nowo utworzone prowincje: Rehe (Dżehol), Chahar, Suiyuan i Ningxia, traktując je jako teren masowej kolonizacji chińskiej. W 1937 Japończycy dokonali inwazji na Mongolię Wewnętrzną i utworzyli marionetkowe państwo Mengjiang.
W 1945 Mongolię Wewnętrzną zajęła Armia Czerwona. W 1947 przyłączono ją ponownie do Chin, nadając jej autonomię.
Geografia Terytorium regionu obejmuje na ogół zrównaną wyżynę, stanowiącą część wielkiej Wyżyny Mongolskiej, wzniesioną średnio powyżej 1000 m n.p.m. W południowej części regionu wchodzi weń szeroką pętlą rzeka Huang He. Z wyżyny wznoszą się izolowane masywy górskie, zbudowane z odpornych utworów krystalicznych – na północ od zakola Huang He pasma Wula Shan (2130 m) i Daqing Shan (2400 m), w zachodniej części zakola masyw Zhuozi Shan (3015 m). Klimat jest silnie kontynentalny, z dużymi wahaniami temperatur nie tylko w ciągu roku, ale i w ciągu doby. Roczna suma opadów wynosi od 150 mm na zachodzie do 40 mm na wschodzie.