Przed ustaleniem tematu należy także wziąć pod uwagę następujące kwestie: Czy dane zagadnienie może zainteresować uczniów? Czy uczniowie mogą mieć dostęp do źródeł informacji na dany temat? Czy materiał, do którego dotrą uczniowie, da im możliwość samodzielnej pracy?
Ważną rolę w metodzie projektów spełnia instrukcja dla ucznia, która powinna być jasna i czytelna dla każdego z uczniów. Instrukcję przygotowuje nauczyciel. Instrukcja powinna zawierać temat projektu, jego cele, zadania dla konkretnego ucznia lub grupy uczniów, wskazówki, źródła informacji, termin, sposób i czas prezentacji, terminy konsultacji, kryteria oceny pracy. Kryteria oceny pracy powinny dotyczyć zarówno prezentacji, jak i poszczególnych etapów pracy. Forma prezentacji projektów może być zadana przez nauczyciela.
Praca z uczniami Pewne decyzje dotyczące tematów, formy pracy i sposobu prezentacji mogą być dokonane przy współudziale uczniów. Nauczyciel wspólnie z uczniami ustala też podział na grupy.