Skały i jaskinie Łopień zbudowany jest z fliszu karpackiego. W jego masywie występują typowe dla Beskidów osuwiska, a także niewielkie wychodnie. Duże osuwisko, zwane Czartoryskiem, znajduje się na północno-zachodnim stoku, na wysokości około 770 m n.p.m., tuż powyżej szlaku rowerowego. Inne duże osuwisko z gołoborzem znajduje się na stokach południowo-wschodnich, powyżej potoku Chyszówka. Niewielka wychodnia znajduje się na punkcie widokowym Widny Zrąbek na niewielkim wyrębie po zachodniej stronie polany Jaworze (nad Jurkowem). Jest też kilka innych zgrupowań wychodni: „Na Ostrysie”, „Na Wiśni”, „Wietrzne Skały”, „Zbójeckie Skały”.
Łopień posiada największą wśród gór Beskidu Wyspowego liczbę jaskiń i schronisk, głównie pochodzenia osuwiskowego. Na północnych stokach góry jest ich kilkanaście, wśród nich Jaskinia Zbójecka w Łopieniu z labiryntem ciasnych korytarzy o długości około 433 m. Jest to największa jaskinia Beskidu Wyspowego i jedno z największych w Polsce stanowisk nietoperza podkowca małego. Jest prawnie chronionym pomnikiem przyrody. Ta jaskinia znana była już od dawna. Pozostałe zostały odkryte i zbadane dopiero po 1990 r. przez grotołazów z Klubu Grotołazów Limanowa i Speleoklubu Dębickiego (m.in. A. Kapturkiewicz, B. Bubula, B. Sułkowski, T. Mleczek).