W 1986 roku Kneset przyjął ustawę zabraniającą kontaktów z OWP. W 1987 roku OWP była głównym organizatorem intifady kamieni, czyli powstania palestyńskiego na Terytoriach Okupowanych. W 1988 roku OWP ogłosiła symboliczne utworzenie „państwa Palestyny”, uznanie państwowości Izraela, oraz rezygnację z terroryzmu. W 1990 roku OWP poparła Saddama Husajna w trakcie agresji Iraku na Kuwejt. Decyzja organizacji spowodowała jej izolację w świecie arabskim i wstrzymanie finansowania działalności przez kraje regionu (głównie Zatoki Perskiej).
W 1993 roku Izrael zniósł zakaz kontaktów z OWP. W tym samym roku Arafat kierował rozmowami pokojowymi z Icchakiem Rabinem, które zaowocowały utworzeniem Autonomii Palestyńskiej oraz wzajemnym uznaniem OWP i Izraela. W 1994 roku Arafat i Rabin otrzymali Pokojową Nagrodę Nobla. Struktury powstałej w 1994 roku Autonomii zdominowane zostały przez OWP. Organizacja nie zdołała przy tym podporządkować sobie najbardziej radykalnych grup palestyńskich ani skłonić rządu Izraela do dalszych ustępstw, w efekcie stała się obiektem agresji z jednej i drugiej strony.
Od śmierci Arafata w 2004 roku przewodniczącym OWP jest Mahmud Abbas.