Po trzech sezonach (1998–2001) zrezygnowała z udziału w tej produkcji.
W telewizyjnym horrorze ABC Diabelskie gimnazjum (Satan’s School for Girls, 2000) z Kate Jackson wystąpiła w podwójnej roli jako Beth Hammersmith i Karen Oxford. Niedługo potem gościnnie pojawiła się w komedii Kevina Smitha Jay i Cichy Bob kontratakują (Jay and Silent Bob Strike Back, 2001) i wzięła udział w zdjęciach do telewizyjnego dreszczowca Inny dzień (Another Day, 2001). Rok później przypadła jej w udziale główna rola w przeznaczonym na rynek wideo dreszczowcu Portret (The Rendering, 2002), komediodramacie biograficznym Piekło na obcasach (Hell on Heels: The Battle of Mary Kay, 2002) z Shirley MacLaine i Parker Posey oraz dreszczowcu Okno strachu (Nightlight, 2003).
W 2003 roku powróciła do telewizji. Wystąpiła w kilku odcinkach Scare Tactics, jesienią następnego roku dołączyła do obsady opery mydlanej Fox Gorące Hawaje (North Shore, 2004–2005) i zagrała Alexandrę Hudson. Serial zdjęto już po pierwszym sezonie. Doherty próbowała więc dostać kolejną rolę w produkcji telewizyjnej. Dołączyła do obsady serialu CBS Miłość z o.o. (Love, Inc., 2005), jednak z odtwarzanej przez Shannen postaci "swatki" zrezygnowano już po odcinku pilotowym.