Był dublerem dla takich zawodników jak Jens Jeremies, Michael Ballack, Mehmet Scholl czy choćby Stefan Effenberg.
W 2003, pomimo że Niko został pierwszy i jedyny raz mistrzem Niemiec, nie przedłużył kontraktu z Bayernem, za to za darmo mógł powrócić do Herthy Berlin. Jednak dopiero wtedy zagrał w Hercie w 1. lidze, co nie udało mu się podczas pierwszego pobytu w tym klubie. W Berlinie grał trzy sezony, a latem 2006 skorzystał z oferty Red Bull Salzburg, mającego możnego sponsora w firmie Red Bull. W 2007 został mistrzem, a w 2008 wicemistrzem Austrii. W sezonie 2008/2009 ponownie wywalczył z klubem mistrzostwo Austrii. Po zakończeniu tamtego sezonu postanowił zakończyć karierę.
Kariera trenerska Jeszcze w Salzburgu w zaczął karierę trenerską (W 2009-11 był trenerem juniorów, a 2011-13 asystentem 1. drużyny). W 2013 krótko był trenerem reprezentacji Chorwacji U-21 i w tym samym roku zaczął pracować z seniorami. 9 września 2015 został zwolniony z funkcji trenera drużyny narodowej Chorwacji. Rok później wrócił po 10 latach do Niemiec by pracować Eintrachtem Frankfurt (2016-18) i Bayernem Monachium (2018-19). Później pracował jeszcze w AS Monaco (2020-22).