ostatecznie nie został włączony do grupy, która, przerzucona przez fronty, powołała Polską Partię Robotniczą. Od 1941 służył w Armii Czerwonej. 30 grudnia 1941 został przekazany do Wojskowego Ośrodka Partyzanckiego. 7 lutego 1944 znalazł się, wraz z innym polskim komunistą Stefanem Antosiewiczem, w składzie oddziału specjalnego przeznaczenia (Osnaz) NKWD, przerzuconego na tereny Wileńszczyzny w rejon jeziora Narocz, do bazy partyzantki sowieckiej. O działalności Jana Freya w partyzantce sowieckiej niewiele wiadomo. 7 maja 1944 utworzył on, złożony w znacznej mierze z Polaków, własny oddział partyzancki, który działał w rejonie jezioro Narocz – Oszmiana – Puszcza Nalibocka – Lida – Grodno – Puszcza Augustowska. W 1944 po przeszkoleniu przez NKWD został zrzucony na tyły wojsk niemieckich.

Po przejściu frontu pod koniec sierpnia 1944 oddział został rozwiązany i Jana Freya skierowano do Moskwy, gdzie działał w Związku Patriotów Polskich, pracując w redakcji radiostacji im Tadeusza Kościuszki jako spiker i redaktor. W grudniu 1944 oddano go do dyspozycji szefa Resortu Bezpieczeństwa Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego Stanisława Radkiewicza. W 1945 był szefem Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa w Warszawie, a w latach 1945–1946 szefem WUBP w Krakowie.